Après la mort de ses parents, du temps de sa jeunesse, la seule source d'affection que le jeune Orochimaru reçut fut celle du troisième En grandissant, du temps des grandes guerres entre ninjas, Orochimaru, Après avoir trouvé une mue de serpent blanc, symbole d'immortalité et de renaissance, sur la tombe de ses parentsEnviron dix ans avant le début de l'histoire (c'est-à-dire à peu près deux ans après la mort du quatrième Recherché à la fois par Konoha car il représente un grand danger pour le village, et par Akatsuki, car il connaît le fonctionnement, les objectifs et les membres de l'organisation, Orochimaru change alors de corps, fonde son propre village dans le Il a également entraîné le quartet d'Oto qui était constitué de : Kidômaru, Jirôbô, Sakon et Tayuya qui furent sous les ordres de Le quartet d'Oto constituait la garde rapprochée d'Orochimaru et était spécialisé dans les techniques de sceau et techniques défensivesOrochimaru a également d'autres subordonnés lui servant à garder ses divers repaires, et commandait une armée de ninjas, utilisée pour attaquer Konoha en conjonction avec le village de À la fin de la première partie du manga, Orochimaru prendra Orochimaru sera alors abordé par Saï, envoyé en mission secrète par Traçant Saï, les autres ninjas de Konoha infiltreront le repaire d'Orochimaru pour retrouver Sasuke ; Orochimaru les affrontera dans les couloirs, les épargnant étant donné qu'ils lui rendent service en s'opposant à AkatsukiOn verra par la suite une scène de l'entraînement de Sasuke, où ce dernier, sous le regard d'Orochimaru, vaincra sabre à la main une quantité innombrable de ninjas sans perdre une goutte de sangAprès cette défaite, Kabuto se greffera un morceau du grand serpent blanc sur son corps, et constatera l'extraordinaire vitalité d'Orochimaru qui commence à envahir son corps, en ayant déjà pris presque un tiers. Il sort très souvent sa grande langue pour lécher ses lèvres ou ses armes : on peut le voir agir ainsi lors de son affrontement avec l'équipe 7 dans la forêt de la Mort (quand il voit ses adversaires se rendant compte qu'ils doivent soit l'affronter soit mourir)Orochimaru est un grand scientifique et un chercheur en biologie hors pair ; il s'intéresse en particulier fortement à certaines particularités spéciales génétiques chez d'autres ninjas, tentant de les appliquer sur d'autres. Il est responsable de l'implantation de l'ADN d'Hashirama Senju dans le bras de Danzô ainsi que des nombreux Sharingan, tout en augmentant la durée d'Kabuto s'implanta de l'ADN d'Orochimaru dans le but de surpasser celui-ci.
Sakura fut complètement paralysée, pleurant de terreur, prostrée à genoux sur le sol ; quant à Sasuke, il vomit sous le coup de l'émotion, puis fut obligé de se poignarder la jambe avec un Lorsqu'il regarde Genyûmaru, après l'avoir fait combattre contre les autres prisonniers, ce dernier ressent également nettement le fait qu'il va se faire « dévorer »Il semble vouloir faire appel à cette capacité lors de son combat contre Naruto sur le Pont du Ciel et de la Terre ; cependant, alors que les deux adversaires se fixent, c'est lui qui a la vision de Kyûbi, immense, le fixant avant de rugir. Leur talent fut reconnu par le chef d'Ame qui leur donna le titre de Pendant quelque temps à Konoha il fût partie de la C'est au cours de l'une de ces expériences que son maître surgit alors avec deux membres de l'On ne connaît pas très bien les motivations qui l'on poussé à rejoindre cette organisation, mais une rencontre qu'il y fera sera décisive : Il est dorénavant clair pour lui que pour parvenir à la connaissance ultime de tous les jutsu, il lui faut aussi être détenteur du Sharingan. Il réapparaît lorsqu'il veut affronter son ancien collègue (et l'ancien maître de Kabuto), Bien que battu par Sasuke, Orochimaru n'est pas complètement mort mais emprisonné dans le corps de Sasuke, piégé dans la propre dimension qu'il avait créé pour réaliser les transferts de son esprit vers de nouveaux corps. Il s'en est servi contre le troisième Hokage, en invoquant les deux premiers Hokage. Il est même parvenu à éliminer le Troisième Hokage, pourtant réputé pour être l'un des plus puissants Kage de l'histoire. D'après Kabuto, c'est Malgré le fait qu'il ne s'agisse pas de son point le plus fort, on peut penser qu'Orochimaru possède un niveau de Orochimaru possède une grande capacité et maîtrise des techniques de sceaux. Ses recherches conduisirent à créer une théorie sur l'évolution du Sharingan et du Rinnegan, théorie confirmée grâce à Orochimaru se révèle être une personne détestant au plus haut point la mort et le vieillissement. Il assiste à la dernière épreuve sous l'apparence du Quand Kabuto lance le signal de l'attaque en utilisant une technique qui endors tous les spectateurs dans le stade, Orochimaru prend en otage son maître sur le toit de leur loge tandis que le Quartet utilise une technique qui forme une barrière infranchissable afin d'empêcher toute intervention de l'extérieur.