Jack et Salazar à bord d'un hélicoptère sont suivis de près par l'armée.
Tony enlève Jane Saunders pendant que Palmer gère la presse au sujet du virus. Une fois Saunders capturé, Jack fait tout son possible pour empêcher ses complices de lancer de nouvelles attaques et il est finalement contraint de couper la main de Chase après que celui-ci a attaché la boite contenant le virus à son poignet.
Kyle et Linda sont capturés et enfermés. Scénario télévision : Robert Cochran, Howard Gordon ; histoire : Evan Katz, Stephen Kronish Le sénateur Keeler dévoile l'affaire d'Anne ce qui met Palmer mal à l'aise. Chase décide d'aller voir Ramon pendant que Hector et Claudia se disputent.
Alors que Tony et Chase pensent coincer Saunders, Chapelle stresse à l'idée de mourir.
Alors qu'il croyait l'avoir Jack voit Amador se faire exploser...
Cependant, Jack apprend que le frère de Ramon, Hector, s'apprête à s'emparer d'un dangereux virus mortel.
Michelle et Gael partent avec une équipe là bas. Palmer convoque son gouvernement et explique ce qui se passe.
Wayne demande à Palmer de prendre ses distances avec Anne. La dernière scène de la saison 3 nous montre un Jack Bauer bouleversé fondant en larmes en pensant aux évènements de la journée alors que la CTU lui demande d’interroger un suspect. En fait Kyle est le porteur du virus...
Jack finit par la rattraper... Il décide alors de monter une ambitieuse opération secrète afin de s'emparer du virus. Chloé et Adam se mettent sur le coup.
Tandis que Jack et Chase découvrent que la cible de Rabens est le métro, un drame se produit chez Sherry... À la fin de la journée, Julia tue Sherry avant de se suicider. 2. Alors que Kyle tente de se suicider, Jack et Salazar s'affrontent en duel à la roulette russe mais Chase et ses hommes arrivent à temps. Jack finit par rattraper Tony et Jane.
Kim est découverte et Jack se doit d'interroger Jane Saunders pour localiser Stephen.
La tension monte quand Chappelle décide de faire abattre l'hélico de Bauer.